Vabariigi viimastel päevadel toimus Tähtede sõda universumile anti vägivaldse valguse poolele suur löök. Ühe kiire käsuga aktiveeris keiser Palpatine käsu 66. Protokoll implanteeriti kiibi kaudu igasse klooniarmee sõdurisse ja kui see oli aktiveeritud, sundis ta sõdureid hukkama kõik nende läheduses olevad jedid. Suur jedipuhastus pani rahule tohutu hulga jedid ja lõpetas oma surmaga missioonid ja saladused, mis olid veel pooleli.
Kõigist sellel saatuslikul päeval langenud jedidest ei tundunud ükski nii jõhker kui Aayla Secura surm Felucia elaval planeedil. Tähesõdade III osa: Sithide kättemaks näitab, kuidas noor Twi'lek tema kloonipataljonist maha tulistati. Kahjuks häiris ta kukkudes lindu ja ei suutnud reageerida. Lask viibib aga veel paar sekundit ja näitab, kuidas kloonid jätkavad tema inertsel kehal tulistamist. Tema kohutavast surmast on tekkinud palju küsimusi, kui fännid üritavad aru saada, miks tundusid kloonid tema suhtes nii külmaverelised.
Sarnaselt oma peremehele Quinlan Vosele otsustas Secura Jedi ordu järgides minna oma teed. Seda näitasid tema rõivavalik ja viis, kuidas ta oma vastutuleva haardega oma valgusmõõka vehkis. Secura hoolis sügavalt oma isandast, kes oli väes ainulaadselt tugev. Paljud teoreetikud usuvad, et ka tema oli väes tohutult võimas. Kui see nii oleks, võis teda klooninud kloonide põhjus olla see, et ta ei tõuse üles, et oma võimetele suurt kahju tekitada.
Enamik Secura seiklustest ei näita teda kloonisõdade ajal väes tohutu jõu kasutamisel. Isegi nii on täiesti võimalik, et tema võimed polnud veel täielikult avaldunud. Teise võimalusena oleks tema jõu võinud suunata tema võitlusvõime kaudu, mis kasutas valgusmõõga võitlusvormi IV ja V ning sisaldas rohkelt akrobaatikat ja suure kiirusega rünnakuliike.
Teine esitatud teooria oli seotud Secura suhetega tema kloonipataljoniga. Tänu paljudele aastatele, mille jedid veetsid koos kloonivägedega, tekkis nende kahe rühma vahel palju sidemeid. Parimate näidete hulka kuuluvad kapten Rex ja Ahsoka Tano või komandör Cody ja Obi-Wan Kenobi. Selle loogika järgi võisid kloonid Securat pidevalt tulistada, sest nad mäletasid temaga jagatud ajalugu ja tahtsid veenduda, et tema surm on kiire ja valutu. Kui see on tõsi, siis see muudaks nende lõpliku teo kloonivägedena üheks puhastuse halastavamaks.
Aayla Secura oli järjekorras üks kaastundlikumaid jedisid. Seetõttu on tema vägivaldset lõppu peetud suure jedipuhastuse kõige jõhkramaks. Secura surm tähistab ka kiiret ja kirurgilist laastamist, mille keiser oli kavatsenud saavutada. Jedi ja isegi Anakin Skywalkeri tapmine võtab palju Fantoomi ähvardus ei uskunud, et neid kõiki on võimalik võita. Kuid keiser tõestas teda valesti, pühkides peaaegu kõik neist ühe hoobiga.
Peaaegu iga jedi surm saabus kiiresti ja vägivaldselt. Ürituse ajal olid mõned viimased tunded, mida ellujäänud jõu kasutajad tundsid, reetmine ja valu. Isegi Secura surm jõudis Yodani, kes viibis sel ajal hoopis teisel planeedil. Täpne põhjus, miks kloonid Securat nii palju kordi tulistasid, jääb saladuseks. Sellegipoolest on see saladus võimaldanud fännidel taas kokku tulla, et veelkord spekuleerida paljude teiste saladuste üle Tähesõdade universumis.
