HOIATUS. Järgmine artikkel sisaldab seadmete spoilereid Möödunud päevad .
Pärast umbes 40-tunnist mängimist põhiloo lõpuleviimiseks jätavad paljud mängijad oma kontrollerid kõrvale ja lahkuvad Möödunud päevad igaveseks. Muu käivitab täiesti uue salvestusfaili. Kuid need, kes jätkavad mängimist pärast ainepunktide heitmist, premeeritakse salajase lõpuga, millel on suured tagajärjed.
Kui viimane missioon on läbi ja võluri saar on hävitatud, on mängu avatud maailmakaart endiselt rändamiseks saadaval. Sealt saavad mängijad lõpetada kõik ülejäänud kõrvaleesmärgid, näiteks Freaker Hordes või NERO uurimissaidid. Mõne aja pärast saab mängija raadiosõnumi NERO uurijalt James O'Brianilt, kes palub mängijal temaga kohtuda.
Kui peategelane diakon Püha Johannes kohtub vanal kalmistul O'Brianiga, saavad asjad nalja. Proloogil kohtub mängija O'Brianiga, kes kannab kogu keha udmati ülikonda ja läbipaistva ekraaniga kiivrit. Siin on tema nägu nähtav. Kuid kogu ülejäänud mängu jooksul on O’Briani mask toonitud, see tähendab, et Deek ei näe oma nägu.
Selle põhjus paljastub ainult salajase lõpu sündmustikus: O'Brian on nakatunud. Lõpuks võtab ta maski maha, et paljastada õudne, vaskulaarne visioon, põhjustades Deaconi tagasilöögi. O'Brian selgitab, et Freakerid loonud viirus areneb kiiresti ja on nüüd etapis, kus see võib tungida nakatumata inimeste lümfisüsteemi (mis aitab keha kaitsta haiguste ja nakkuste eest). Ta paljastab ka, et NERO kõrgemad ettevõtted on sellest juba mõnda aega teadnud, ja hoiatab Deaconi, et nad tulevad. O'Brian lahkub, hüpates ebainimliku jõu ja väledusega õhusõiduki helikopterisse.
See sündmuskoht annab teada, et see uus viirusetüvi loob täiesti uue Freakeri vormi, mis säilitab inimese kognitiivsed funktsioonid, kuid omab tugevust, kiirust ja agressiivsust, mida Deacon kogu aeg võitleb. Möödunud päevad . Tegelikult teeb selle stseeni mitmes punktis O'Briani keha näiliselt tahtmatuid tõmblusi ja ta teeb enne vabandamist isegi mitu sammu Deeki poole. Kuigi seda pole kunagi sõnaselgelt öeldud, näib, et O'Brian on vastu viiruse põhjustatud bioloogilisele rünnakutungile.
On selge, et selle stseeni eesmärk oli jätta uks avatuks a Möödunud päevad järge, midagi, mis praegu tundub, et seda ei juhtu kunagi. Selle asemel, et Deek Sarahiga päikeseloojangule sõita, lõpetas see keerdkäik mängu tumedama, ähvardavama noodiga. O'Briani kaudu kasutusele võetud uus Freakeri vorm oleks teinud teises mängus hirmuäratava vaenlase, mis oleks kindlasti järginud Deaconi jõupingutusi, et paljastada tõde NERO seosest viirusega.
Väärib märkimist, et kuigi NERO on silmatorkavalt sisse lülitatud Möödunud päevad , Diakon ei võitle kunagi nende vastu. Missioonidel, kus nad esinevad, saab Deek hiilida ainult sõdurite ja teadlaste ümber, kuna mäng teeb selgeks, et nende ülikonnad on tema jaoks liiga kindlustatud, et teda läbi lõigata või tulistada. Järg oleks tõenäoliselt teinud NEROst peamise antagonisti, kusjuures Deacon ja ettevõte pidid nendega silmitsi seisma. Kuid praeguses seisus on see lugu, mis jääb ütlemata.
